Schüler der Akademien in Brüssel und Paris, dann unternahm er ausgedehnte Reisen durch Italien und Deutschland und wurde 1869 zur Eröffnung des Suez-Kanals eingeladen, von wo er eine Reihe von Genrebildern und eine große Anzahl von Skizzen mitbrachte. 1872 erregte er Aufsehen durch das Historienbild: "Der wahnsinnige Hugo van der Goes".

Wauters, Ehrenmitglied der Akademien in Wien, Berlin und München, erhielt 1883 die Große Goldene Medaille der Berliner Kunstausstellung.

Seine Bilder haben immer etwas Wuchtiges und Massives und wurden zu seiner Zeit in vielen Museen gezeigt. Als Porträtist vieler zeitgenössischer Persönlichkeiten bekannt und gesucht.