Seidl wuchs als Sohn eines Bäckers in einem Elternhaus auf, in dem zahlreiche Künstler verkehrten. Bis 1870 Maschinentechniker, ab 1871 Architekturstudium bei Gottfried Neureuther. Nach einem Aufenthalt in Rom (1876-77) und angeregt durch freundschaftliche Verbindungen mit bedeutenden Künstlern, gründete er 1878 mit Rudolf von Seitz ein Atelier für Innendekoration. In München und Umgebung schuf er zahlreiche Bauten zunächst im Stil der deutschen Renaissance, später auf Anregung seines Freundes Franz von Lenbach in freiem eigenem Stil. Als Beispiele sind zu nennen: Das Bayerische Nationalmuseum (1896-1900), das Deutsche Museum in München (ab 1906), die Anna-Kirche, die Rupertus-Kirche, das reizvolle Künstlerhaus am Lenbachplatz, Villa Lenbach, Villa Kaulbach, Villa Toni Stadler, außerhalb Münchens Villen, Schlösser, Kirchen, Museen z. B. das Histor. Museum der Pfalz in Speyer.

Seidl gilt als bedeutendster Vertreter der eklektizistischen historisierenden Bauweise der Münchener Architektur um 1900.