Einer Offiziersfamilie mit musischer Tradition entstammend, erfuhr er seine Bildung im Pagen-Corps in München und nach dem Kriege 1870/71 bis 1879 seine Ausbildung in der Münchener Akademie. Seine Lehrer, Anreger und Vorbilder waren u. a. Piloty, Diez und Leibl.

Habermann betätigte sich vornehmlich als Porträtmaler und wurde vor allem durch seine Frauenporträts und Akte bekannt, die er in einer impressionistischen Manier in warmen bis glühenden Farben tonig malte.

1892 wurde er Mitgründer der Münchener Sezession und deren zweiter, 1904 deren erster Präsident. Aus dieser Zeit stammt sein bekanntestes Bild "Dame in grünem Kostüm" (1899). Seit 1905 lehrte er als Professor an der Münchener Kunstakademie.