Schäfer erhielt zahlreiche Preise und Auszeichnungen. Darunter den Leibniz-Preis (1994), den Mellon Award (2007), den Ruhr-Preis für Kunst und Wissenschaften (2008), den Dr.-Leopold-Lucas-Preis der Universität Tübingen (2014) und den Reuchlin-Preis der Stadt Pforzheim (2015).

Er ist Ehrendoktor der Universitäten Utrecht (1993) und Tel Aviv (2007) sowie Mitglied der British Academy, der Berlin- Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften, der American Philosophical Society, der American Academy of Arts and Sciences und der American Academy for Jewish Research.

Längere Forschungsaufenthalte führten ihn u.a. an das Institute for Advanced Study in Princeton (1993 und 1994-96), das Historische Kolleg München (2002-03), das Wissenschaftskolleg zu Berlin (2007-08) und die Siemens-Stiftung München (2020-21).

Die erste Liebe in seinem Fach war und blieb die Literatur und Geschichte des klassischen Judentums der Spätantike, der Zeit, die das Selbstverständnis des Judentums bis heute geprägt hat. Im Gefolge von Gershom Scholem versuchte er, die frühe Form der jüdischen Mystik auf eine wissenschaftlich zuverlässige Basis zu stellen. Neben der religionsgeschichtlichen Neuorientierung der jüdischen Mystik entwickelte sich daraus das Interesse an der Textüberlieferung der rabbinischen Literatur, das zu zahlreichen Editionen und schliesslich zu einem öffentlich ausgetragenen Streit über das Verhältnis von Text und Urtext führte.

In letzter Zeit wandte er sich verstärkt den Beziehungen zwischen rabbinischem Judentum und Christentum in den ersten Jahrhunderten ihrer Entstehung zu.