Nach Studium in München und England promovierte Ettinghausen 1931 an der Universität seiner Vaterstadt. Von 1931 bis 1933 war er bei der Islamischen Abteilung der Staatlichen Museen in Berlin angestellt. 1934 emigrierte er in die USA, war drei Jahre lang Mitarbeiter am American Institute of Persian Art and Archeology und wirkte dann teils als Professor für islamische Kunstgeschichte (University of Michigan 1938-1944, New York University 1961-1979), teils in Museumsstellungen mit Verantwortung für islamische Kunst (Freer Gallery of Art, Washington, D.C., 1944-1967, Metropolitan Museum of Art, New York, 1969-1979). Zugleich entfaltete er eine ausgedehnte internationale Tätigkeit als Berater von Museen sowie als Herausgeber oder Berater wissenschaftlicher Organe.

Führender Forscher auf dem Gebiet der islamischen Kunst, hat er die Gesamtheit dieser Kunst von ihren Anfängen bis in ihre Spätzeit und in ihrer geographischen Ausdehnung von Spanien bis Zentralasien beherrscht. Aus seiner musealen Tätigkeit erwachsen und stets von ihr genährt, galt seine Spezialforschung hauptsächlich Werken der Malerei und der Kleinkunst. 

Dank enger Vertrautheit mit den literarischen Quellen in den einschlägigen Sprachen hat er die wissenschaftliche Arbeit über diese Gattungen von Objekten weit über das Stadium bloßer Kennerschaft hinausgeführt. Vor allem auch durch systematische Behandlung ikonographischer Probleme hat er Wesentliches zum historischen Verständnis einer oft als lediglich dekorativ angesehenen Kunst beigetragen.